Η Μονάδα Βιολογικής Επεξεργασίας επεξεργάζεται το οργανικό κλάσμα των αποβλήτων και αποτελείται από:
- Την Αναερόβια επεξεργασία: το οργανικό κλάσμα οδηγείται σε κλειστούς αντιδραστήρες υπό συνθήκες έλλειψης οξυγόνου και παράγεται βιοαέριο. Το βιοαέριο αξιοποιείται από Μηχανές Εσωτερικής Καύσης και παράγεται πράσινη ενέργεια.
- Την Αερόβια επεξεργασία: το οργανικό κλάσμα παραμένει σε ειδικά κελιά παρουσία οξυγόνου και στη συνέχεια ραφινάρεται, για την παραγωγή υλικού τύπου κομπόστ.